Quando, depois da Reforma, formas divergentes da religião cristã alcançaram um grupo estável de devotos e emergiram como novos movimentos religiosos, elas quase sempre encontraram uma extrema intolerância. Os huteritas, inicialmente originários do Tirol, eram acossados periodicamente e forçados a fugir, por fases, das zonas em que habitavam para outras por toda a Europa central. Os quakers, em Inglaterra, sofreram perseguição constante no final do século XVII, e muitos deles foram presos devido às suas crenças. Os primeiros metodistas, no século XVIII, eram cercados frequentemente e algumas das suas capelas foram queimadas. Agentes judiciais locais e magistrados faziam, frequentemente, parte dessas perseguições, estimulando a ação das multidões, e considerando estes religiosos cumpridores da lei como culpados em vez de vítimas. No final do século XIX, em Inglaterra, os primeiros seguidores do Exército de Salvação sofreram hostilidade semelhante. Num só ano, mais de 600 dos seus «soldados» foram agredidos por «brutos» que os salvacionistas acreditavam serem incentivados pela influente indústria da cerveja. Por outro lado, ao longo de alguns anos, um número semelhante de elementos do Exército de Salvação foi aprisionado sob acusações tão duvidosas e talvez falaciosas como obstruir a autoestrada. Na Suíça, na década de 1890, foram acusados de fraude e exploração financeira, acusações essas semelhantes às que tinham sido feitas contra os missionários da Igreja Mórmon na Escandinávia, no início desse século.
No início do século XX, a oposição a algumas novas religiões foi expressa de diferentes formas: a Ciência Cristã foi implacavelmente denunciada tanto por reivindicar cura espiritual como por recusar a realidade da matéria, porém a condenação foi largamente literária, variando desde a sátira de Mark Twain até ao grave ataque do ilustre historiador H. A. L. Fisher, entre uma verdadeira biblioteca de comentários hostis de clérigos, médicos e, de modo mais leve, um género de paródia, cartoons e romances satíricos. A oposição às Testemunhas de Jeová, ainda vistas como um novo movimento na primeira metade do século XX, foi com frequência expressa de forma mais física. Eles sofreram violência por parte de multidões nos Estados Unidos na Segunda Guerra Mundial, e alguns foram cobertas de alcatrão e penas. Foram perseguidos por se recusarem a fazer continência à bandeira e a cantar o hino nacional, não só nos Estados Unidos mas também em países tão diferentes como o Malawi, e a sua objeção de consciência ao serviço militar deu origem a perseguição judicial em França, Espanha e Grécia, mesmo em décadas recentes. No Quebeque, esta seita, geralmente cumpridora da lei, foi constantemente perseguida por agentes judiciais durante as décadas de 1940 e 1950 devido a uma vasta gama de supostas violações da lei. Os exemplos poderiam ser muitos mais — eles servem para ilustrar a incidência contínua de intolerância religiosa e a recorrente oposição a organizações religiosas recentemente emergentes e a novas conceções de prática religiosa.
O que todos estes exemplos têm em comum é que estas seitas vitimizadas eram todas, na sua época, movimentos religiosos minoritários relativamente novos. Porque se dignavam discordar de um ou de outro preceito da religião estabelecida, ou decidiam apresentar as suas próprias conceções de divindade, salvação e adoração, ou porque desafiavam as normas da sociedade secular contemporânea, tornaram-se objetos de desconfiança e eram vistos como agentes de perturbação social.
