Uma variedade de diferentes preocupações parece ter estimulado oposição a Scientology, incluindo as que geralmente são levantadas em relação a novas religiões em geral.
Em primeiro lugar, a Scientology pode despertar suspeitas porque afirma obter discernimento espiritual da aplicação de procedimentos racionais. As pessoas comprometidas com a religião tradicional geralmente consideram os valores religiosos como transcendendo totalmente o reino da racionalidade e podem sentir-se ofendidas pela ideia de as verdades religiosas ou os benefícios espirituais poderem ser alcançados por meios técnicos... outros meios que não os das suas próprias conceções sagradas de adoração e moralidade. Os procedimentos racionais e a aprendizagem sistemática caracterizam a ciência, a tecnologia e a economia e não a busca da antiga verdade religiosa ou de experiência espiritual. Como a Scientology associa objetivos espirituais e meios racionais e técnicos (e, de facto, tecnológicos), as pessoas comprometidas com a religião estabelecida tendem a condená-la como não sendo uma «verdadeira» religião. Elas consideram a Scientology artificial porque utiliza o conhecimento moderno em vez de fórmulas antigas, minimiza ou dispensa conceitos religiosos tão comuns como sacralidade e ritual e adota uma orientação pragmática na busca de objetivos religiosos. Ignorando a necessidade que todas as organizações religiosas têm de donativos religiosos e dotações, as pessoas também vêem que em Scientology se exige aos devotos o pagamento do custo da sua instrução e consideram isso demasiado comercial e empresarial, uma questão de pagamento de serviços demasiado direta para ser apropriada para uma religião. Consequentemente, os acordos económicos de Scientology são apresentados como exploradores, desclassificando, assim, esse movimento como uma religião. No entanto, as pessoas que fazem essas críticas esquecem-se de reconhecer que em igrejas estabelecidas são inevitavelmente feitas exigências financeiras aos devotos, como no pagamento de uma missa na Igreja Católica Romana, nos acordos instituídos de algumas congregações protestantes, ou nos dízimos exigidos, no passado, pelas principais igrejas, e ainda requeridos em numerosas seitas cristãs. Estas coletas financeiras parecem ser de uma espécie diferente apenas porque os procedimentos de pagamento são santificados por costume muitas vezes antigo ou sancionados pela Bíblia. Os críticos dos acordos económicos da Igreja de Scientology ignoram a semelhança funcional fundamental com os procedimentos económicos das religiões tradicionais simplesmente porque a forma difere e em virtude da antiguidade e santidade de que geralmente são revestidos.
Em segundo lugar, a Scientology promete benefícios terapêuticos ao libertar os indivíduos do efeito de experiências passadas traumáticas. Essa promessa, aos praticantes convencionais de medicina psiquiátrica pode parecer um desafio tanto dos pressupostos teóricos das suas práticas como, e mais especialmente, das técnicas que eles empregam. Assim, dois grupos de profissionais, os clérigos e os psiquiatras, dos quais se pode dizer que têm interesses instalados nestes assuntos, é provável que estimulem oposição à Scientology, e cada um destes grupos tem um público mais amplo de membros profissionais (professores e médicos por exemplo) e um público leigo ainda mais amplo que eles podem influenciar.
Em terceiro lugar, algumas das pessoas que aderem a Scientology decidem submeter-se a formação adicional para se tornarem auditores qualificados de Scientology, abandonando oportunidades de carreiras mais convencionais. Os pais, os familiares e os amigos leigos em matéria de Scientology ficam alarmados com tal decisão. No caso de a essa escolha religiosa se seguir o afastamento da família e dos amigos, como por vezes tem acontecido, isto fornece munição adicional àqueles que se opõem a esta nova religião — ela torna-se, aos olhos deles, «um culto que fratura famílias».
A Igreja de Scientology, pelo contrário, mantém que é possível alcançar benefícios espirituais na vida atual. Afirma que todos os indivíduos são inerentemente bons, e ensina que todas as pessoas devem assumir responsabilidade pela sua própria vida e atividades.
Em quarto lugar, um aspeto mais geral e difuso da ética cultural de Scientology pode estimular mais oposição. O cristianismo tradicional herda uma orientação geralmente ascética para o mundo, e tem cultivado, bem para além dos confins das igrejas ou das suas congregações, pressupostos sobre o carácter essencial da verdadeira religião, nomeadamente que a religião deve ser solene, promovendo uma ética asceta, e empenhada no sacrifício dos confortos deste mundo no interesse de preparar uma recompensa numa vida após a morte. Ela tem tido a preocupação de incutir no homem um sentimento de pecado inerente e de incapacidade de alcançar a salvação pelos seus próprios esforços. Em vez disso, as pessoas estavam obrigadas a depender apenas de um deus-salvador. A Igreja de Scientology, pelo contrário, mantém que é possível alcançar benefícios espirituais na vida atual. Afirma que todos os indivíduos são inerentemente bons, e ensina que todas as pessoas devem assumir responsabilidade pela sua própria vida e atividades. Para as igrejas, uma religião que rejeita o pecado inerente à humanidade já é uma afronta, mas este desafio não é diminuído pelo facto de que a ética que a Scientology abraça tem afinidade muito mais próxima do espírito que prevalece no mundo ocidental secular de finais do século XX, um espírito de hedonismo, com ênfase na felicidade humana e em encorajar as pessoas a realizarem todo o seu potencial. Mesmo muitas pessoas não-religiosas, que aceitam uma orientação secular hedonista para o mundo, não estão preparadas para reconhecer como religião uma doutrina que abandona a condenação solene de toda a humanidade como pecadora e, por pouco que possam conscientemente aceitar a posição cristã tradicional, elas opõem-se todavia a uma religião que difere dela nestes aspetos fundamentais. Assim, porque algumas pessoas ainda não estão preparadas para abdicar da visão tradicional do mundo, e porque outras acreditam que, apesar de elas próprias não subscreverem essa ética, cabe no entanto à religião fazê-lo, secções muito diferentes do público em geral juntam-se na oposição à nova religião de Scientology.
